Des contrôles réguliers des services de l’État permettent de vérifier que l'organisation et le fonctionnement des GAEC Groupement agricole d'exploitation en commun restent conformes aux exigences réglementaires. Les points de contrôle concernent notamment :
- les activités exercées par le GAEC Groupement agricole d'exploitation en commun (activités agricoles et non commerciales sauf salage, déneigement, activité photovoltaïque et entraide agricole et absence de revenus provenant de prestation de service).
- l’absence d’activité professionnelle extérieure lorsque le GAEC Groupement agricole d'exploitation en commun n’a pas de dérogation
- le respect des conditions de dérogation pour activité extérieure le cas échéant
- les dispenses de travail le cas échéant
- la rémunération des associés et l’organisation du travail
- la dimension de l’exploitation et le nombre d’associés…

Tous les GAEC Groupement agricole d'exploitation en commun sont contrôlés à minima une fois tous les 4 ans. Tous les justificatifs demandés par la DDTM direction départementale des territoires et de la mer et permettant de vérifier le respect des conditions d’agrément doivent être fournis (avis d’imposition, statuts, PV d’AGE annuelle, PV d’AGO, bulletins de salaire, contrats de travail, liasse fiscale…).

Dès lors que le contrôle conclut au non-respect des obligations, selon la gravité de la non-conformité et de sa persistance, le Préfet peut privilégier l’une ou l’autre des conséquences suivantes :

- la régularisation avec ou sans conséquence vis à vis de la transparence
La transparence sera retirée si les manquements concernent les obligations liées aux articles L323-2 et L323-7 du Code Rural et de la Pêche Maritime (GAEC total et travail en commun).

- le retrait d’agrément
Les sociétés qui à la suite d’une modification de leur objet ou de leurs statuts ou du fait des conditions de leur fonctionnement ne peuvent être regardées comme des GAEC Groupement agricole d'exploitation en commun encourent le retrait d’agrément. Le retrait est encouru par exemple pour :
- défaut de conformité (nature des activités réalisées, non respect des conditions de dérogation, absence de travail en commun...)
- défaut de communication des demandes de dérogation (dérogation pour maintien d’agrément, pour activité extérieure ou dispense de travail)
- absence de réponse ou réponse incomplète suite au contrôle (après relance et mise en demeure)

Toutefois, l’autorité administrative peut pour une durée maximale d’un an renouvelable une fois, maintenir l’agrément d’un groupement selon des éléments qu’elle détermine afin qu’il puisse régulariser son dossier ou réaliser les formalités de dissolution ou transformation. Ce délai court à compter de la date à compter de laquelle le groupement ne respecte plus les conditions régissant les GAEC Groupement agricole d'exploitation en commun . En l’absence de régularisation à l’issue du délai accordé, le Préfet, après avis de la formation spécialisée GAEC Groupement agricole d'exploitation en commun de la CDOA décidera du retrait d’agrément et de la perte de la transparence.

Attention, un GAEC Groupement agricole d'exploitation en commun qui n’est plus agréé, sera considéré comme une société civile mais ne sera plus éligible aux aides de la PAC Politique agricole commune déposées postérieurement à la date de retrait. Le retrait d’agrément a également des incidences sociales et fiscales.